Przyczyny chorób zębów i przyzębia są wieloczynnikowe. Należy ich szukać przede wszystkim w złym stanie higieny, najprawdopodobniej w diecie a także interakcjach zjawisk chorobowych w obrębie narządu żucia. W badaniach nad materiałem zębowym, zwłaszcza historycznym, używa się odpowiednich wskaźników odontologicznych tj.: częstość próchnicy, czy wskaźnik stanu przyzębia ( na podstawie stopnia resorpcji kości wyrostka zębodołowego, czy obecności kamienia nazębnego). Stosowana jest także ocena stopnia starcia koron zębowych dla pozyskania wiadomości o preferowanej diecie. Wyznacznikiem patologii uzębienia, czy zaniku wyrostka zębodołowego jest przyżyciowa utrata zębów , która stanowi pośrednią informację o stanie zdrowia i higieny (Bonfiglioli i in. 2003) populacji pradziejowych. Równie ważnym informatorem o warunkach bytowych wśród dawnych populacji jest wskaźnik stresu fizjologicznego tj. hipoplazja szkliwa.
Z dotychczasowych badań wynika, iż istota badań paleoodontologicznych oprócz tego, że pozwala zagłębić się w warunki bytowe, stan biologiczny, rozwój, czy ekonomikę analizowanej populacji historycznej, dotyczy również faktu, że śledząc dolegliwości dawnych ludzi można również poznać podobieństwa oraz różnice w reagowaniu organizmów na schorzenia niegdyś jak i obecnie. Dzięki bogatej bazie danych (tworzonej w oparciu o historyczne serie kostne) możliwa jest ocena rozwoju wszelakiego typu chorób, wówczas, gdy w ich leczeniu nie stosowano metod charakterystycznych współczesnej medycynie.